故事內容發生在日本戰國時代，出生於普通忍者家庭的亂太郎，為不負父母厚望成為菁英忍者，而進入忍者學校。他就讀在「一丙班」，並認識了新兵衛和霧丸，三人成為了好朋友。而每集內容主要講述三位忍蛋在忍者學校所發生的趣事。